并称为“天下霸道三剑”的天生牙、丛云牙和铁碎牙分管天、地、人三界，当年全部为犬夜叉的父亲斗牙王所拥有。斗牙王与人类公主十六夜相恋，生下犬夜叉，此举惹来暗恋十六夜的武将刹那猛丸的嫉妒。身负重伤的斗牙王用天生牙救活被猛丸杀死的爱人，随即与猛丸展开决战。恶战之后，斗牙王生命将终，他命冥加将天生牙和铁碎牙分别赐予杀生丸和犬夜叉，而拥有邪恶强大力量的丛云牙则被永久封印。
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主人公心奇是一个8岁的男孩，他十分热爱自然生物和小恐龙。他的梦想是成为最强的驯龙斗士。为此，他要到三个道馆参加考核，考取赤铜级资格。他和好搭档霸王龙，以及好朋友海月、小豪和罗拉组成团队，一起前往神秘的恐龙森林展开冒险。一路上，他们遇到各种各样的小恐龙，他们主动接触、了解这些小恐龙，并用恐龙们喜欢的方式和它们相处。但森林中，也有一群喜欢用强硬手段捕捉恐龙的猎人——狩猎队。他们看上了霸王龙的力量，想利用这股力量来做研究。为了捉住霸王龙，他们派出了强化龙来对付心奇他们。而心奇和朋友们也用全新的力量，把各自的恐龙伙伴进化成龙人形态，对抗狩猎队的强化龙。在这个过程中，他们也从狩猎队手上拯救了很多小恐龙。
